Trotz ihrer Bedeutung gehen in Deutschland immer mehr Alleebäume verloren. 2006 gab es noch 27.500 Kilometer Baumreihen, 2023 waren es nur noch 22.000 Kilometer. Die größte Herausforderung ist der Straßenbau. Viele alte Baumreihen mussten in der Vergangenheit breiteren Fahrbahnen weichen, ohne dass Ersatz gepflanzt wird. Technische Vorschriften wie die Abstandsregelungen von bis zu 12 Metern zwischen Straßenrand und neuen Bäumen erschweren Neupflanzungen. Da Flächen neben der Straße oft landwirtschaftlich genutzt werden, fehlen geeignete Standorte zur Neuanlage von Alleen.

Auch mangelnde Pflege setzt den Alleen zu. Unsachgemäßer oder zu später Schnitt schwächt die Bäume dauerhaft. Falsche Schnitttechnik verursachen große Wunden an den Bäumen, die anfällig für Pilze und Schädlinge werden. Ohne fachgerechte Pflege sinkt die Lebenserwartung von Alleebäumen erheblich. Hinzu kommen Extremstandorte: Bodenverdichtung, Trockenstress, Streusalz und Schadstoffe setzen den Bäumen zu. Viele Kommunen haben nicht genügend finanzielle Mittel, um Nachpflanzungen für allmählich absterbende Bäume durchzuführen.